A história de São Lourenço da Serra tem início no século XVIII, época do Brasil colônia e do movimento das bandeiras que desbravavam os sertões em busca de ouro, pedras preciosas e índios para escravizar. Os bandeirantes seguiam sempre os caminhos fluviais que permitia ligar o norte ao sul e o leste ao oeste, e deixavam caminhos abertos para jesuítas e colonos formarem aldeias. A partir de agosto e setembro de 1562, respectivamente, foram instalados na região os postos de Embu e Itapecerica.

O núcleo de população indígena aumentou muito com a vinda dos índios da aldeia Carapicuíba, trazidos por Afonso Sardinha e doutrinados por Belchior de Pontes. Seguindo o rastro dos bandeirantes, chegaram os jesuítas que iniciaram com os índios o trabalho de catequização e o ensino da técnica do plantio. Esse lugar, hoje, é a divisa de São Lourenço da Serra com Itapecerica da Serra, bairro chamado Aldeinha. Em meados de século XIX, chegaram à região dois caçadores, Manuel Soares de Borba e Manuel Mendes Rodrigues, que encontraram jesuítas e uma capela construída em honra de São Lourenço no local da antiga aldeia abandonada por seus colonos em virtude da febre do ouro.

A terra era boa para a lavoura e para as pastagens e os dois resolveram se estabelecer com suas famílias e dividiram as terras entre si. Passaram a cultivar milho, feijão, cana-de-açúcar e mandioca, fizeram um pomar e construíram uma moenda para produção de açúcar preto e um monjolo. Iniciaram a criação de gado leiteiro, de porco, de galinhas e de cavalos e ampliaram de tal forma as possibilidades de vida daquele lugar, que precisaram buscar parentes e amigos para se estabelecerem em lotes doados e construir novas casas.

O vilarejo crescia e tornou-se necessário aumentar também seu campo de trabalho. Partiram, então, para a produção e o comércio do carvão, levado para Santo Amaro com outras mercadorias e trocadas por café, arroz, açúcar, sal, remédios e tecidos. Com o passar do tempo, as duas fazendas originais foram se transformando em um vilarejo inicialmente chamado “Vilarejo dos Borbas”. Depois, seu nome foi mudado para Bairro de São Lourenço da Serra.

Nessa época já havia uma estrada que vinha de Itapecerica, passava pela Aldeinha e seguia até Juquitiba, e São Lourenço se caracterizava como local de ruas de terra cheias de carros de bois, tropas e tropeiros, em busca de descanso e mantimentos para prosseguir suas viagens.

A partir de 1900, o bairro recebeu novos habitantes, se desenvolveu e estabeleceu uma atividade comercial própria. O resultado dessa expansão territorial do desenvolvimento econômico, com a exploração de metais e outras atividades, foi a criação do distrito de São Lourenço da Serra em 30 de dezembro de 1953, do município de Itapecerica da Serra, com território desmembrado do distrito-sede e dos distrito de Embu-Guaçu e Juquitiba. Apenas em 30 de dezembro de 1991 adquiriu autonomia política administrativa.

Com uma população de cerca de 7 mil habitantes na região, em 1991, foi realizado um plebiscito pedindo a emancipação da região. A maioria dos moradores votaram a favor da emancipação mas a Assembleia legislativa de São Paulo negou o pedido. Então em 12 de março de 1992, São Lourenço foi finalmente emancipada. A palavra “da Serra” foi acrescentada ao final do nome em homenagem a cidade mãe (Itapecerica da Serra) tornando-se São Lourenço da Serra.